De første heste udvikledes for omkring 54 millioner år siden, lige efter den verdensomspændende drivhusopvarmning på grænsen mellem Palæocæn og Eocæn. Det var små dyr som Orohippus (skulderhøjde 40 cm), der var tilpasset et liv i regnskoven. Klimaet ændrede sig igennem Tertiær-tiden fra et 'drivhus' til et 'frysehus', især i starten begyndelsen af Oligocæn for 33 millioner år siden. Samtidig med at klimaet ændrede sig mod tørrere og køligere forhold, ændrede vegetationen sig også, og hestene udviklede sig som svar til større og større dyr, der var tilpasset livet i det åbne land. Især efter at græsserne begyndte at vinde frem for 12 millioner år siden, udvikledes hestene sig fra at have tre tæer til kun at have én hov, og fra at have tænder med lave kroner, der var tilpasset til at æde løv, til at få kraftigere tænder med dybere kroner tilpasset til at spise seje græsser.

Hovedparten af hestens udvikling foregik i Nordamerika, hvorfra nye grupper fra tid til anden spredte sig til resten af verden. De sidste heste i Nordamerika uddøde dog for 10.500 år siden, lige ved Weichsel-istidens afslutning, samtidig med en mængde andre store pattedyr i 'Den Nordamerikanske megafauna'. Faktisk uddøde 33 ud af 45 arter (73%) med en kropsvægt på over 44 kg i Nordamerika på mindre end 1.000 år.

Ironisk nok var det mennesket, der genindførte hesten til Nordamerika fra 1490'erne og frem i forbindelse med den spanske kolonisation. Alle nutidens nordamerikanske 'mustanger' nedstammer fra disse heste, der igen nedstammer fra slægten Equus, der udvandrede fra Nordamerika til Europa i Pleistocæn (1,8 millioner år siden).