Ny dansk algoritme korrekturlæser livets kode – Københavns Universitet

Videresend til en ven Resize Print Bookmark and Share

SNM > Nyheder > Alle nyheder > Biowide algoritme

30. oktober 2017

Ny dansk algoritme korrekturlæser livets kode

DNA OG BIODIVERSITET

Naturovervågning, hvor biologer i gummistøvler med kikkert og lup om halsen registrerer dyr, planter og svampe i naturen, er de seneste år blevet suppleret med moderne DNA-metoder, hvor forskere eksempelvis ud fra en lille vandprøve kan se, hvilke dyr der lever i vandet. Metoden til af frembringe de nødvendige DNA-sekvenser skaber imidlertid også ”støj”, der blander sig med de egentlige biologiske signaler. Hidtil har denne ”støj” besværliggjort processen, når livets kode skulle aflæses fra prøver af vand, jord eller planter. Det problem har det danske forskningsprojekt Biowide nu løst med den nye algoritme LULU, der hurtigt er i stand til at korrekturlæse DNA-sekvenserne og derved skille skidt fra kanel. Resultatet er netop offentliggjort i det videnskabelige tidsskrift Nature Communications.

Film: Tobias Guldberg Frøslev fortæller om DNA-sekvensering og den nye algoritme, der kan korrekturlæse livets kode.

- Massesekvensering af DNA fra forskellige organismer anvendes i stigende grad til at beskrive biodiversiteten i vores omverden, og der er ingen tvivl om, at automatiserede DNA-analyser vil komme til at spille en stor rolle i fremtidens naturovervågning. Med hidtil har metoden manglet et effektivt værktøj til at frasortere de sekvenseringsfejl, der altid opstår i processen, siger adjunkt Tobias Guldberg Frøslev fra Statens Naturhistoriske Museum ved Københavns Universitet og fortsætter:

Feltarbejde i Allindelille Fredskov, hvor der tages jordprøver til DNA-sekvensering. Foto Morten Remar

Feltarbejde i Allindelille Fredskov, hvor der tages jordprøver til DNA-sekvensering. Foto Morten Remar

- De datamængder, der kommer ud af sekvenseringsmaskinerne i dag, er enorm. Hvis vi printede DNA-data fra Biowide ud på papir, ville vi ende med en bunke på størrelse med verdens højeste bygning. Så fejlfinding kommer aldrig til at foregå i hånden. Derfor har vi nu udviklet en algoritme, som populært sagt kan korrekturlæse vores data.

Nærstudere biodiversiteten

Et af de interessante aspekter ved algoritmen er, at den også kan anvendes på andre organismegrupper såsom svampe, springhaler og rundorme, hvis diversitet normalt ikke bliver inddraget i naturovervågning.  

- Metoderne til sekvensering har længe været flere skridt foran metoderne til at få noget biologisk meningsfuldt ud af vores data. Men med LULU kan vi virkelig begynde at nærstudere variationen i biodiversiteten – også hos alle de arter, som vi normalt ikke kan få øje på, siger seniorforsker Rasmus Ejrnæs fra Aarhus Universitet, der er projektleder for Biowide. Han tilføjer:

- Vi kan mærke, at der er stor efterspørgsel efter en sådan algoritme, og derfor er det også glædeligt, at vi nu kan gøre den tilgængelig for det internationale videnskabelige miljø.

Biowide på feltarbejde i Strødam-reservatet i Nordsjælland. Foto: Ida Broman Nielsen.

Biowide på feltarbejde i Strødam-reservatet i Nordsjælland. Foto: Ida Broman Nielsen.

Om Biowide

Forskningsprojektet Biowide er et samarbejde mellem Aarhus Universitet og Københavns Universitet samt Naturhistorisk Museum i Aarhus og Statens Naturhistoriske Museum. Projektet har til formål at undersøge og beskrive sammenhænge i biodiversiteten i Danmark ved hjælp af både klassiske undersøgelser og nye DNA-baserede metoder. Projektet løber fra 2014-2017 og er støttet af VILLUM FONDEN.

Læs artiklen hos Nature Communications her.